父親の死をきっかけに、英国貴族・ジョースター家に迎えられたディオ・ブランドー。当家の嫡男・ジョジョからすべてを取り上げようと、密かに誓う。
父親の病気は、ディオが毒を盛ったことが原因だと疑うジョジョ。毒の出所を調べるために訪れたロンドンで、貧民街のボス・スピードワゴンと出会う。
解毒剤を入手して、父親を救ったジョジョ。悪事を暴かれ、窮地に陥ったディオは石仮面を被る。血を求めて狂暴化したディオがジョジョに襲いかかる!
重傷を負ったジョジョは、再会したエリナの手厚い看護で傷と心の両方を癒していた。後日ツェペリと名乗る男と出会い、彼の運命は再び大きく動き出す。
ポコという少年に、墓場へ誘き出されたジョジョたち。ゾンビの一群を従え待ち構えていたディオは、伝説の騎士・タルカスとブラフォードを呼び覚ます。
波紋のオーバードライブを受けたブラフォードは、人間の魂を取り戻し、ジョジョに剣を託す。タルカスは、ジョジョを騎士の修練場での死闘に追い込む。
かつて波紋の師から告げられた予言により、自分の死を予感しながらも、タルカスに挑むツェペリ。最後の力を振り絞り、究極の奥義をジョジョに捧げる。
修練場からの脱出後、ジョジョ一行はツェペリの師・トンペティたちと合流。ジョジョはブラフォードから託された剣を手に、再びディオとの決戦に挑む。
ディオを倒したジョジョは、エリナと結婚し、ハネムーンクルーズに出発。だが、船上でディオの家来を目撃した瞬間、宿敵がまだ生きていることを悟る。
時は移り1938年、祖母エリナと共にニューヨークに来たジョセフ。一方、遺跡調査中のスピードワゴンは、同行していたストレイツォの裏切りに遭う。
旧友のスピードワゴンを裏切り、吸血鬼となったストレイツォと激闘を繰り広げるジョセフ。波紋法の後継者を相手に、ジョセフに残された最後の策とは!?
"柱の男"の謎を探るべく、メキシコにやって来たジョセフ。一方、現地の地下実験室では、ドイツ軍による柱の男・サンタナの研究が行われていた。
サンタナの体内に吸収されたジョセフは、内部から波紋を発動。それでも致命的なダメージを与えられず、サンタナは驚異的な速さで回復を始めてしまう。
柱の男がほかにもいると知り、ローマへ渡るジョセフとスピードワゴン。そこで待っていたのは、ツェペリの孫で、波紋使いのシーザーだった。
必殺技"シャボン・ランチャー"を放つも、柱の男・ワムウに軽々と弾き返され、傷を負うシーザー。そこで今度は、ジョセフが新しい必殺技を繰り出す。
ヴェネチアにいる師・リサリサに、ジョセフを会わせるシーザー。波紋の力の制御方法を習得するため、ジョセフは彼女から過酷な特訓を受けることに。
"エイジャの赤石"の持ち主がリサリサであることを知り、襲撃を仕掛ける柱の男・エシディシ。成長したジョセフの波紋は、エシディシに通じるのか!?
リサリサの使用人の体を乗っ取った柱の男・エシディシが、エイジャの赤石を奪取。ジョセフとシーザーは、波紋を組み合わせてエシディシに対抗する。
全身を機械化したシュトロハイムが、柱の男・カーズと戦闘を開始。その際、吹き飛ばされた赤石を回収しようとしたジョセフとカーズが、崖に転落する。
リサリサがシーザーの過去を語る中、シーザーは単身、敵の拠点へと乗り込んでいた。過酷な修業を乗り越え、威力を増した波紋がワムウに炸裂する!
ホテルの奥では、ワムウ、カーズ、100体もの吸血鬼がジョセフたちを待ち受けていた。圧倒的な軍勢を前に、リサリサは赤石を賭けた決闘を申し出る。
古代の闘技場で、ジョセフ対ワムウの戦車戦が開始された。ジョセフが最初の武器を手に入れ優勢に立つものの、ワムウは意表を突く策略で反撃する。
最後の攻撃を放ったワムウに対し、ジョセフはその攻撃を逆手に取って勝利し、シーザーとの誓いを果たす。次は、リサリサがカーズとの一騎打ちに挑む。
絶体絶命のジョセフは奇策を講じて、死力を尽くした波紋攻撃でカーズを打ち破る。決闘を見届けたスピードワゴンは、リサリサの過去を語り始める。
赤石の力により、太陽にも動じなくなったカーズ。無敵となったカーズを誘き寄せるべく、戦闘機に乗り込んだジョセフは、命懸けの奇襲作戦を敢行する。
溶岩の中へ落とされても、なお生き延びたカーズは、ジョセフの腕を切り落とす。とどめを刺そうとした瞬間、ジョセフが赤石をかざすと...!?
1987年、日本。空条承太郎は、悪霊に取り憑かれたと言って留置場に閉じこもっていた。心配した母のホリィは、承太郎の祖父ジョセフに助けを乞う。
ジョセフの言う悪霊の正体である特殊能力"スタンド"を隠しながら、日常生活に戻る承太郎。通学中に負傷した際、花京院典明と名乗る転校生と出会う。
邪悪の化身・DIOにより花京院の脳に打ち込まれた肉の芽は、切除不能だと言うジョセフ。だが承太郎は、自らのスタンドでこれを取り除こうとする。
ホリィの命を救うため、エジプトに飛び立った承太郎たちは、機内でDIOの刺客に遭遇。誰がスタンド使いなのか不明な中、花京院が密かに動き出す。
新たな刺客・ポルナレフに、承太郎たちの仲間・アヴドゥルが、灼熱の炎を操る特殊攻撃を炸裂させる。一行はアヴドゥルの勝利を確信するが...。
海路でシンガポールへ向かう承太郎たち。道中、船内で密航者が見つかり、その後、承太郎がスタンドに襲われる。果たして、その本体は誰なのか?
目の前に現れた貨物船に、救命ボートから乗り移る一行。1匹のオランウータン以外、人影のない船内を探索中、勝手に動き出したクレーンに攻撃される!
ホテルの部屋で、一行を待ち受けていたスタンド使い"呪いのデーボ"。怨みの力でスタンドを操るデーボの罠にはまったポルナレフは、窮地に陥る。
シンガポールを散策中、盗っ人に過剰な暴行を加えるなど、異常な行動を繰り返す花京院。承太郎は、彼が何かに取り憑かれていると判断するが...。
インドのレストランで、鏡の中だけに現れる奇妙なスタンドに襲われるポルナレフ。そのスタンド使いが妹の仇だと確信し、仲間と別れ1人復讐に向かう。
敵スタンドの攻撃に苦戦するポルナレフを連れ、逃走を図る花京院。鏡に現れるスタンドの追撃に苦しみながらも、ついに2人は、その本体を探し当てる。
ジョセフの腕にできた奇妙な腫れ物は、次第に大きくなっていく。医者が切り落とそうとしたその瞬間、腫れ物に顔が現れ、自分はスタンドだと告げる。
承太郎たちが車で山道を走っていると、嫌がらせ運転をする車と遭遇。運転していたポルナレフがその車を追い抜いた時、正面から大型トラックが現れる!
承太郎たちが到着したパキスタンの街は、異様に静かで住民も素っ気ない。そこで恐怖に顔を歪めた死体を発見した一行は、スタンドの仕業だと警戒する。
ホテルを経営しているエンヤ婆がスタンド使いだと気づいたポルナレフ。彼女のスタンドに操られる多数の死体に襲われ、なす術もなく逃げまどう。
DIOの命令に従い、新たな刺客"鋼入りのダン"が、仲間のエンヤ婆を抹殺。その冷酷さに憤る承太郎たちは、4対1という有利な状況で臨戦態勢に。
自らのスタンドをジョセフの脳に送り込んだ花京院とポルナレフは、脳細胞を荒らす敵スタンドを発見。しかし敵は素早く、2人は苦戦を強いられる。
ラクダで砂漠を渡る承太郎たち。気がつけば、夜になっても日が沈まず、逆に西から昇っていた。この太陽はスタンドらしく、気温は70度に上昇する!
赤ん坊の泣き声がする遊園地で、死神のタロットから大鎌が飛び出す。そんな悪夢を見た花京院と仲間が調達した飛行機に、ある赤ん坊も同乗することに。
赤ん坊が怪しいという花京院の訴えを仲間は誰も信じず、逆に彼の気がふれたと疑う。やがて、眠りについた承太郎たちは、夢の中で目覚め、真実を知る。
孤島で承太郎たちが出会ったのは、アヴドゥルの父親だった。彼が一行との対話を拒み、家に閉じこもる中、ポルナレフは海岸で奇妙なランプを発見する。
ランプから現れた敵のスタンドは、ポルナレフの第3の願いも叶え、アヴドゥルを蘇らせる。復活した死者たちに襲われ、ポルナレフは絶体絶命の危機に!
潜水艦でDIOのいるエジプトを目指す一行。海中という逃げ場のない状況を、承太郎が危惧する中、大陸到着を間近に、コーヒーカップが突如変身する。
次々と姿を変える敵スタンドに惑わされながらも、潜水艦から脱出した承太郎たち。2つの海底トンネルを発見し、海岸に上陸できると安堵するが...。
ついにエジプト上陸を果たした承太郎たちのもとに、1機のヘリコプターが降り立つ。ジョセフが要請した助っ人を連れて来たはずが、機内に人影はない。
水のスタンドの急襲に一行が苦戦する中、アヴドゥルが一計を案じるが、寸前で敵に看破される。その間、助っ人のイギーは終始、うたた寝を貪っていた。
花京院とアヴドゥルが入院となり、街のカフェで小休止する承太郎たち。しかし、そこにはスタンド使いのオインゴ・ボインゴ兄弟が待ち受けていた。
承太郎たちがDIOのいるカイロに船で向かっていた頃、青年チャカが1本の刀を拾う。その不思議な刀を抜くと、おとなしいチャカの性格が豹変する。
理髪店主に襲われたポルナレフは、チャカの刀こそがスタンドだと気づき反撃に出る。だが、刀はポルナレフの戦い方を覚え、さらに強力になっていた。
ナイル川中流の町、ルクソールに到着した承太郎たち。そこで、傍らの岩に付いたコンセントを見つけたジョセフは、思わずそれに触れ、感電してしまう。
敵のスタンドの能力でくっつき合った体を、なんとか引き離したジョセフとアヴドゥル。だが今度は、列車が迫る線路に、2人の足がくっついてしまう!
誰かに尾行されていると察知したポルナレフは、その男の正体を探ろうとするが取り逃がす。その直後、自分の靴がブカブカになっていることに気づく。
子供に戻ってしまったポルナレフは、本体と同様に縮んだスタンドで、スタンド使い・アレッシーに対抗。そして、絶体絶命の危機に、ある奥の手を使う。
目的地のカイロに到着した承太郎たちは、DIOの館の写真を使って聞き込みを開始。あるカフェで、その館を知っていると言う1人の客に出会う。
スタンド使い・ダービーにポーカー勝負を挑んだ承太郎は、事前にスタープラチナの威力を見せて、相手を牽制。さらに、開始直後にイカサマを見抜く。
承太郎たちの命を狙い、カイロ空港に降り立つホル・ホース。彼のカバンには、新たなパートナーとして、強引に連れてきたボインゴが詰め込まれていた。
予知通り行動したホル・ホースだが、そこに思いがけず承太郎たちが現れる。予知に反して状況は悪化する中、"皆殺しのチャンス"は到来するのか?
カイロに詳しい地獄耳の物乞いに、DIOの館の捜索を依頼するアヴドゥル。その頃、街を散策していたイギーは、2匹の大きな犬にからまれる。
スタンド使いのハヤブサ、ペット・ショップとの死闘で深手を負い、川の中へ逃げ込んだイギー。だが、ペット・ショップの追撃は止まることを知らない。
DIOの館で一行を迎えた執事のダービーは、かつて倒したギャンブラーの弟だった。自身のスタンド・アトゥム神を出し、いきなりその力を見せつける。
レースゲーム対決に敗北した花京院は、魂を奪われてしまう。激昂するジョセフを制し、承太郎が選んだゲームは、ダービーの最も得意とする野球だった。
承太郎の投球予告を不審に思いながらも、ダービーは自分のスタンド能力で優位は揺るがないと信じていた。一方、アヴドゥルたちは、館の内部へと突入。
DIOの打倒こそがアヴドゥルの願いだと信じ、DIOのもとへ走るポルナレフとイギー。だが、追ってきたヴァニラ・アイスの猛攻は止まることがない。
窮地のポルナレフを救うため、瀕死のイギーは最後の力を振り絞ってスタンドを発現。そして、ついにポルナレフの剣先がヴァニラ・アイスの頭を貫く。
ついにDIOと対面したポルナレフだが、なぜか彼に近づくことができない。DIOのスタンドを見極めるため、シルバーチャリオッツを放ったその時!?
DIOのスタンド、ザ・ワールドの正体を暴くため、結界を張り巡らせる花京院。罠にはまったDIOを、ハイエロファントグリーンの集中砲火が襲う。
ザ・ワールドの能力で時を止め、承太郎にとどめの一撃を加えようとするDIO。だが、止めた時間の世界で、承太郎の指が動いていることに気づく。
DIOの前には、血を吸いとられたジョセフの体が横たわる。回復したDIOへの怒りを燃やす承太郎は、時の止まった世界で最後の戦いを突きつける!
ある人物を探しにS市杜王町にやってきた空条承太郎は、不良に絡まれながらもひたすら謝る少年を見かける。彼こそが承太郎が探す東方仗助だった。
凶悪殺人犯・アンジェロのスタンドが、体内に入り込むタイプだと推測する承太郎。何も口にするなと警告するも、仗助の母がコーヒーを口にしてしまう。
アンジェロのスタンド能力を引き出した謎の弓と矢。これを破壊しない限り、町は危機にさらされていると考え、承太郎はその行方を追う。
仗助は同級生・康一を助けるために虹村億泰の家へ行くが、彼の兄・形兆に攻撃されてしまう。そこで負傷した億泰に、仗助はある取引を持ちかける。
仗助と康一は、これ以上被害者が出ないよう、弓と矢を探して破壊することに。屋根裏部屋でそれを発見するが、奥から不気味な音と声が聞こえてくる。
自転車での登校途中、康一は袋に入った猫をひいてしまう。それを見ていた男から、猫を埋葬してやるからと金を要求され、責め立てられて...。
ぶどうヶ丘高校の間田敏和がスタンド使いかどうかを確かめるため、学校内を調べる仗助と康一。すると間田のロッカーの中で、木製の人形が見つかる。
同級生の山岸由花子から告白され、うれしさを隠せない康一。だが彼女の好意は恐ろしく異常だった。やがて由花子はとんでもない行動に出る。
康一は監禁場所からの脱出を試みるが、作戦を由花子に見透かされ絶望する。ところが由花子が家の外の公衆電話に向かうと、そこで予期せぬ出来事が!
ちょっと変わった新しいイタリア料理店にやってきた仗助と億泰。そこで出された水のうまさに感動する億泰だったが、体が異常な反応を見せ始める。
形兆を殺し弓と矢を奪い去ったレッド・ホット・チリ・ペッパーがついに仗助の前に姿を現す。翌日仗助たちは、承太郎からある人物のことを知らされる。
レッド・ホット・チリ・ペッパーの動きを警戒した承太郎の命令で、仗助と康一は港に残る。すると2人の目の前に、勝利を確信した敵の本体が姿を現す。
父・ジョセフをしぶしぶ自宅に連れて行こうとする仗助だが、年老いた父に振り回される。さらにジョセフは近くにスタンド使いがいると言い出す。
人気漫画家・岸辺露伴の自宅を訪ねた康一と間田は、家に招き入れてもらい大興奮。だが、露伴の度を超えた行動に次第に恐怖を覚え始める。
康一のおかげで創作意欲が搔き立てられたと言う露伴。彼が康一を本に変え、ページを破り取ろうとしたその時、玄関のチャイムが鳴り来客を告げる。
承太郎に誘われて、スタンド能力を身につけたネズミを狩りに行くことになった仗助。やってきた用水路で2人は異様な光景を目にすることになる。
地図に載っていない小道を進み、奇妙な光景を目にする康一と露伴。さらなる異変に気づいた露伴は、何者かによるスタンド攻撃ではないかと疑う。
仗助と億泰は、スタンドを使って町中に落ちている小銭を集める矢安宮重清(重ちー)に出会う。重ちーの行動に感心した仗助は、あることを思いつく。
当選宝くじを換金するため銀行へやってきた仗助たち。だが自分たちを怪しむ行員に追い込まれて言い逃れできない状況になり、ある行動に出る。
由花子は康一に振り向いてもらおうとエステティシャンに"愛と出会う顔"にしてもらう。康一ともいい雰囲気になるが、効果が続くのは30分だけ。
たまたま通りかかった重ちーに、誤ってランチの袋を持って行かれた吉良吉影。実は袋の中にはとんでもないものが入っていて、彼は必死に重ちーを追う。
瀕死の重傷を負わされた重ちーは一瞬の隙をつき、吉良の前から逃げる。傷を治してもらうため、そして吉良の脅威を知らせるために仗助の元へ向かう。
逃げる吉良を追おうとする康一を引き留め、承太郎は警戒するよう促す。納得がいかない康一だが、次の瞬間、爆弾のスタンドに取り付かれてしまう。
目の前に現れた殺人鬼・吉良に強い怒りを感じる康一。吉良は公衆の面前で恥をかかされたことに腹の虫がおさまらず、康一に容赦ない攻撃を浴びせる。
かつて吉良が住んでいた家を調査する仗助たち。平凡な男の異常な趣味が明かされる中、ふいに机上のポラロイドがひとりでにシャッターを切る。
吉良吉廣は、息子・吉影を守るため味方となるスタンド使いを探す。その頃、吉良吉影を追う露伴に、少年がジャンケンをしてほしいと声をかけてくる。
本性を隠して川尻浩作として生活する吉良だが、妻の首筋を見た瞬間、殺人衝動に駆られる。一方、仗助たちは麦畑で倒れていた不思議な男を発見。
仗助と露伴が賭博ゲームで勝負する。イカサマを疑う露伴は、次の勝負で手口を見破れなければ200万円払い、見破れば仗助の小指をもらうと言う。
スタンドに追われる仗助はバイクで逃げるが、時速60キロ以下に減速すると追いつかれてしまう。なんとか携帯電話を入手し、康一に連絡するが...。
川尻は、喉に穴の開いた猫が地下室にいたと妻から聞き、様子を見に行く。だが猫は死んでいた。翌日、埋葬した場所から怪しげな植物が生えてくる。
川尻は、喉に穴の開いた猫が地下室にいたと妻から聞き、様子を見に行く。だが猫は死んでいた。翌日、埋葬した場所から怪しげな植物が生えてくる。
火事に遭った露伴の自宅に建築士の乙雅三がやってきて、乙の奇怪な行動に興味を惹かれる露伴。鉄塔では、仗助と鋼田一が激しい闘いを展開する。
乙雅三の背中を見たことで露伴は窮地に立たされる。一方、仗助たちの前に現れた少年がポケットから紙を取り出すと、そこにはあるものが隠されていた。
背中を見せることのできない露伴は康一に助けを求めるが、信用してもらえない。そこで背中を見られる危険を冒し、承太郎のいるホテルを目指す。
川尻浩作はついに息子・早人を殺めてしまう。早人の存在に気づいた露伴たちは、川尻家を調べることに。絶望する川尻に突如吉廣の矢が突き刺さる!
自分を通してキラ・ヨシカゲの正体を知った者は吹っ飛ばされ、同じ朝が繰り返される...。早人はそれでもキラ・ヨシカゲを倒さねばと悩み苦しむ。
同じ朝を往復する早人が何人も爆破してきたと察した吉良は、第3の能力であるバイツァ・ダストを解除することに。だが、吉良の前にある人物が現れる。
仗助と早人が逃げ込んだ民家に、壁をすり抜けて入り込んでくる空気弾。見えるはずのない外から確実に仗助を狙う空気弾に、2人は動揺する。
追い詰められながらも吉良は諦めない。救急隊員にバイツァ・ダストを仕掛け、時間を吹き飛ばそうと自身のスタンド・キラークイーンのスイッチを押す!
DIOの息子と思しき人物、汐華初流乃を探すため、南イタリアを訪れた広瀬康一。ひょんなことから汐華初流乃に出会うのだが、彼はスタンド使いだった。
悲惨だった少年時代、ジョルノは負傷したギャングの男を助け、これが人生の転機に。そして現在、ジョルノは戦いの中で新たなスタンド能力を知る。
ギャング組織"パッショーネ"入団の覚悟を決めたジョルノは、収監中の幹部、ポルポに面会。ポルポは、入団試験としてジョルノに無理難題を命じる。
ライターの炎の再点火により出現したポルポのスタンド"ブラック・サバス"。ジョルノは苦戦するもその弱点を見抜き、康一が"矢"の存在に気付く。
獄中のポルポ死亡の情報が、パッショーネ幹部の間を駆け巡る。ポルポが残した隠し財産を回収すべく、ジョルノはブチャラティチームと共に出帆する。
何者かに攻撃され、甲板の下に消えてゆくブチャラティの仲間達。アバッキオは、スタンド"ムーディー・ブルース"を発動し、敵の能力の謎に立ち向かう。
目的地のカプリ島では、敵が待ち構えているはず。ミスタはジョルノと共に島に先行上陸し、スタンド"セックス・ピストルズ"で敵を始末しようとする。
走行中のトラックにしがみついたミスタを待っていたのは、スタンド"クラフト・ワーク"を操るサーレー。その能力が、ミスタが放つ弾丸を翻弄する。
ポルポの隠し財産を手にしたブチャラティ。この巨万の財宝を受け取ったパッショーネ幹部のペリーコロはブチャラティを認め、組織の幹部に昇進させる。
買い物に出ていたナランチャを襲撃した、暗殺者チームのホルマジオ。そのスタンド"リトル・フィート"の能力で、ナランチャの体は小さくなってしまう。
数センチまで体が縮んだナランチャに対し、トリッシュの居場所を言うよう激しく迫るホルマジオ。絶体絶命のナランチャは、起死回生の反撃を開始する。
ジョルノとフーゴ達は、ブチャラティの命を受けてポンペイ遺跡へ。そこで敵と遭遇したフーゴは鏡の中に引きずり込まれ、スタンドも封じられてしまう。
トリッシュを安全な場所へ移すのに必要な鍵を回収しようとするアバッキオ。任務達成のためには、鏡の中から襲いかかるイルーゾォを倒さなければ。
ブチャラティ達は指令に従ってフィレンツェ行きの超特急に乗ろうとするが、肝心の鍵の使い方が分からない。焦る一行に、暗殺者チームが迫っていた。
見えない敵から攻撃を受け、急速に老化してゆくブチャラティ達。ミスタは反撃しに外へ出るが、敵のスタンド"ビーチ・ボーイ"のワナに陥ってしまう。
激闘の末、最後の力を振り絞ってスタンドを発動するプロシュート。その姿に決死の覚悟を見たペッシもまた覚悟を決め、ブチャラティに立ち向かう。
メローネは列車にいた女性の体を使い、恐ろしいスタンドを生み出す。スタンド能力に目覚めつつあるトリッシュを追跡すべく、新たな魔の手が放たれる!
ベイビィ・フェイスの物体を組み替える能力に苦戦したジョルノ。ゴールド・エクスペリエンスの物体に生命を与える能力に活路を見い出し、反撃に出る!
ディスクを回収すべく、ヴェネツィアに到着したジョルノとミスタ。あらゆるものを凍らせる"ホワイト・アルバム"の脅威を前に、2人の覚悟が試される。
ついに、トリッシュをボスに引き渡す時が来た。彼女と教会の大鐘楼へ向かうブチャラティは許せない裏切りに気付き、2人の命は重大な危機に陥る。
裏切りに気付いたブチャラティは、ボスを倒してトリッシュを救い出すと決意。だが、ボスのスタンド"キング・クリムゾン"が、ブチャラティを苦しめる。
組織を裏切り、信じる道を歩み出したブチャラティと仲間達。次に取るべき行動を見定めようとしていると、ボスが放った刺客から攻撃を受けてしまう。
スクアーロに攻撃され、息の根を止められそうになるジョルノ。ナランチャはエアロスミスのレーダー能力を駆使し、この恐ろしい敵に必死に立ち向かう。
ボスの過去を探るため、ブチャラティ達はサルディニア島へ行くことに。飛行機を調達しようとする一行の前に、不気味なスタンド使いが現れるのだが...。
誰もいない飛行機の客室で、敵の標的になってしまったトリッシュ。絶体絶命かと思われたその時、トリッシュのスタンド"スパイス・ガール"が発現する!
ボスの指令を受けたドッピオは、トリッシュの行方を追ってサルディニア島へやって来た。そして、同じく島へ来ていたリゾットは、ドッピオに遭遇する。
ドッピオが単なるボスの側近ではないと考えたリゾットは、磁力を操るスタンド"メタリカ"で周到に攻撃。そしてリゾットは、ドッピオの正体を悟る。
15年前にトリッシュの母親を撮影した人物を突き止めるため、アバッキオはムーディー・ブルースを発動。ボスの手掛かりをつかもうとするのだが…。
ブチャラティ達は謎の男から電話を受け、ボスの名前とボスを倒す術があることを知らされる。この男に会うため、一同はローマのコロッセオへ向かう。
生物を腐らせるチョコラータの脅威のスタンド能力。ブチャラティとミスタは車で敵から逃れようとするが、セッコのスタンドが2人の前に立ちはだかる。
無関係の市民を巻き添えにし、上空から街全体に殺人カビをまき散らそうとするチョコラータ。ジョルノとミスタは、敵の狙いを阻止するべく戦いを挑む。
コロッセオへ向かおうとするセッコを止めるため、ブチャラティは地中で死闘を繰り広げる。だが、"オアシス"の能力は、予想以上に強力で厄介だった。
傷つき果てたブチャラティは、手を借りた人物が誰なのかも知らずにコロッセオへたどり着く。ドッピオは、コロッセオで待っている人物に正体を明かす。
ディアボロがポルナレフを始末しようとしたその時、ポルナレフのスタンドは"矢"に貫かれた。すると、コロッセオにいた者達の身体に異変が起き始める。
それぞれの精神が入れ替わり、混乱するミスタやジョルノ達。ディアボロよりも先に"矢"を手にしようとするのだが、思わぬ苦戦を強いられてしまう。
ついに発現する、"シルバー・チャリオッツ・レクイエム"の驚くべき真の能力。ジョルノは、ディアボロの精神が仲間の誰かに取りついていると告げる。
ジョルノ達の奮闘もむなしく、"矢"はディアボロの手に。ディアボロが自身のスタンドを"矢"で貫こうとしたその時、ブチャラティが大きな一手を打つ。
ジョルノのスタンドは、"ゴールド・エクスペリエンス・レクイエム"に進化。拳を打ち込まれたディアボロは、その能力の絶望的な恐ろしさを思い知る。
ミスタは、花屋の娘が自殺した事件の真相を調査。娘の恋人だった彫刻家、スコリッピと出会ったミスタは、仲間を待ち受ける過酷な運命を知らされる。
無実の罪で起訴された空条徐倫は、州立グリーン・ドルフィン・ストリート重警備刑務所に収容される。絶望する徐倫だったが、父から贈られたペンダントに触れたことで不思議な力に目覚める。
徐倫は刑務所生活を始めるが、同じ監房の囚人・グェスの常軌を逸した行動によって窮地に追い詰められてゆく。グェスは徐倫のペンダントによって、不思議な力・スタンド能力に目覚めていた。
刑務所内で謎の少年と出会い、面会人に会うなと警告される徐倫。少年の存在に違和感を覚える徐倫だったが、翌日、少年の言葉どおり面会人が訪れる。その人物こそ、徐倫の父・空条承太郎だった。
数年ぶりに再会した父・承太郎から、すべてはDIOの元部下であるジョンガリ・Aに仕組まれた事件だったと聞かされた徐倫。その話に戸惑う暇もなく、ジョンガリ・Aのスタンドが徐倫を襲撃する。
面会室で目を覚ました徐倫と承太郎。2人は敵のスタンドに夢を見させられながら、ゆっくりと身体を溶かされていた。承太郎のスタンド能力で面会室から脱出した2人に、新たな敵の影が忍び寄る。
徐倫は刑務所に戻り、承太郎のスタンドと記憶を具現化した2枚の"DISC"を取り戻すことを決意。一方、スタンド能力に目覚めたエルメェス・コステロの前に、異常な男囚・マックイイーンが現れる。
農場で囚人が行方不明になり、徐倫とエルメェスは捜索チームに立候補。その目的は、農場のトラクターのタイヤに隠されているホワイトスネイクのDISC。しかし捜索中、エルメェスが異変に気づく。
突如として徐倫たちに襲いかかる謎のスタンドの正体は、ホワイトスネイクに知性を与えられたプランクトンの集合体"フー・ファイターズ"だった。高い知性を持つ強敵に、徐倫とエルメェスが挑む。
死んだ女囚の姿を借り、徐倫たちと行動を共にするF・F (フー・ファイターズ)。ある日、運動場で徐倫とF・Fがキャッチボールをしていると、女囚・ミラションが賭けを持ちかけてくる。
承太郎のスタンドのDISCをスピードワゴン財団に渡すには、警備の目をかいくぐり20分以内に中庭へ向かわなくてはならない。そこに現れたエンポリオ少年は、徐倫をとある部屋へ案内する。
新たな敵、ラング・ラングラーのスタンド攻撃を受け、身体が無重力状態になってしまった徐倫とウェザー・リポート。無重力はさらに真空状態を作り、2人を絶体絶命のピンチに陥れる。
徐倫は中庭を目前にして、プッチ神父と遭遇。プッチ神父は徐倫を見逃すが、新たな追手を中庭に向かわせていた。残り時間はあとわずか。徐倫はスピードワゴン財団にDISCを渡すことができるのか?
エルメェスが姿を見せなくなり、気になった徐倫は彼女の過去を調べ始める。どうやら、彼女はある目的のために、自ら刑務所に入ってきたらしい。一方、エルメェスは数日来ある男を監視していた。
スポーツ・マックスのスタンド"リンプ・ビズキット"の反撃を受け、防戦一方のエルメェス。徐倫とF・Fがエルメェスに加勢するも、3人は敵のスタンド能力を前に次第に追い詰められていく。
徐倫はホワイトスネイクに関係する"骨"の行方を追うため、罰を利用してわざと厳正懲罰隔離房に潜入。F・Fは徐倫を助けに行くべく、"屋敷幽霊"にいるナルシソ・アナスイに目を向けるが...。
スタンド"サバイバー"の能力で闘争心を上げられた看守と囚人により、懲罰房の各所で戦闘が始まる。看守・ウエストウッドに襲われた徐倫は、戦闘中に相手もスタンド使いであることに気づく。
辛くも勝利した徐倫が周りを見渡すと、既に他の囚人同士の戦闘も終わっていた。勝ち残った囚人の1人であるケンゾーは、ホワイトスネイクに送りこまれたスタンド使いだと自ら徐倫に明かす。
ケンゾーと戦うF・Fが生命線である水分を少しずつ削られていると気づいた徐倫は、アナスイに助けを求めるも断られてしまう。突破口を見つけたF・Fは、戦いに必要な水分の補給を試みるが...。
"骨"を持って逃げた小男を追う徐倫たち。小男を見つけ"骨"を奪い取ろうとするも、辺りに倒れている囚人たちの体からは"植物"が生えていた。そして、そばに近づこうとする徐倫の顔にも...。
従順な素振りの"ヨーヨーマッ"と徐倫たちを乗せたボートは、湿地帯を進んでゆく。だが、徐倫たちが本当に恐れるべきは看守たちの追手ではなく、ヨーヨーマッの見えないスタンド攻撃だった。
プッチ神父がホワイトスネイクの本体だと知ったF・Fは、ホワイトスネイクの妨害を受けながらもDアンGを撃破する。ヨーヨーマッが消滅するとともに、飲み込んでいた卵が割れて...。
ホワイトスネイクとの戦闘で消滅したように見えたF・Fだったが、ウェザー・リポートの雨によって間一髪生き延びる。F・Fとウェザー・リポートは、無事に徐倫とアナスイと合流を果たすが...。
逃げたプッチ神父の野望を阻止するため、徐倫はグリーン・ドルフィン島からの脱獄を決意する。そこにミューミューと名乗る看守が、ホワイトスネイクからの伝言を持って現れる。
手に縫い付けた"エンポリオに会え"という文字を頼りに動き出す徐倫。記憶を失いながらも警備の目をかいくぐり、徐倫は隠し部屋までたどり着くが、それもまたミューミューの思惑どおりだった。
プッチ神父を追って脱獄に成功した徐倫たち。脱獄を知ったプッチ神父は、次の「新月」までの5日間、徐倫たちから遠ざかるために北へ向かうも、病院で起こった人質事件に巻き込まれてしまう。
スタンド「自由人の狂想曲(ボヘミアン・ラプソディー)」の攻撃を受け、体と心が分離してしまったアナスイ。自らの肉体を取り戻すべく、アナスイはウェザー・リポートと別行動をとる。
徐倫は元恋人のロメオからヘリコプターのキーを受け取り、プッチ神父が目指すケープ・カナベラルへと向かう。その道中、徐倫は自分の意思とは無関係にまぶたが下りてくる奇妙な症状に襲われる。
リキエルとの死闘を制した徐倫は、ウェザー・リポートに関する衝撃の事実を知る。プッチ神父の気配を追って救急病院へとたどり着いた徐倫たちが見たものは、病室に深く掘られた巨大な穴だった。
ヴェルサスのスタンド能力で、墜落する飛行機の記憶の中に捕らわれた徐倫たち。刻一刻と迫る運命の時。徐倫が飛行機から飛び出して攻撃を仕掛けるも、記憶の外側にいるヴェルサスには届かない。
ヴェルサスにより記憶がよみがえったウェザー・リポート。無意識下で発動する彼の恐ろしい能力、悪魔の虹「ヘビー・ウェザー」が現れ、巻き込まれた人間はカタツムリへと姿を変えていく。
生まれたばかりのエンリコ・プッチには双子の弟がいた。しかし弟は死んだ赤ん坊とすり替えられ、兄弟は他人として人生を歩む。時は流れ、若きプッチの前に、DIOと名乗る不思議な男が現れる。
「ヘビー・ウェザー」によるカタツムリ化を止めるため、ウェザー・リポートのもとへ急ぐ徐倫。一方、ウェザー・リポートはプッチ神父によってもたらされた悲劇に決着をつけることを考えていた。
ウェザー・リポートのスタンド能力のDISCを託された徐倫は、プッチ神父を追ってケープ・カナベラルへとたどり着く。『天国の時』を待つプッチ神父の身体には、異変が起こりはじめていた。
徐倫たちを急襲する、「ホワイトスネイク」と「緑色の赤んぼう」が合わさったようなスタンド。それは、プッチ神父の新しい能力「C-MOON」。触れた物が裏返る能力に、徐倫たちは苦戦を強いられる。
「C-MOON」の一撃必殺のパンチを受け、裏返りながら姿を消した徐倫。しかし徐倫の気配に気付いたプッチ神父は、「ジョースターの血統」と確実に決着をつけるため消えた徐倫の後を追う。
承太郎の放った銛が神父を射貫こうとした瞬間、「天国の時」がついに訪れる。プッチ神父から漏れ出す幾つものまばゆい光線。徐倫が気付くと神父の姿は消え、重力の逆転は元に戻っていた。
プッチ神父の新たなスタンド「メイド・イン・ヘブン」による超スピードの攻撃から、決死の覚悟で戦況を立て直そうとする徐倫たち。アナスイが囮となり、承太郎が攻撃を仕掛けるのだが...。
全てを巻き込む「時の加速」は止まらない。やがて宇宙は一巡し、目を覚ましたエンポリオがいたのはグリーン・ドルフィン・ストリート刑務所。人類は世界の終点に到着し、新しい世界を迎えた。