12: AWS as a complex system

ろびんさんとタンパク質の折りたたみ、統計物理、プログラミングコンテストなどについて話しました。

Show notes

0:00 Flash 終了とホームランダービー

• プーさんのホームランダービー｜ディズニーキッズ公式
• Yahoo!きっずゲームに関する大切なお知らせ - Yahoo!きっずからのお知らせ - Yahoo!きっず
• 『くまのプーさんのホームランダービー！』が2020年12月をもってサービス終了へ。スラッガーと化したプーさんの伝説に終止符 - AUTOMATON
• Adobeが「Flash Player」の最終アップデートを公開 - ITmedia PC USER
• CMS → コンテンツ管理システム - Wikipedia
• 「そんなことより聞いてくれ»1よ。」──サントリー、“おもしろFlash”の歴史を振り返る動画を公開 - ITmedia NEWS

ニュース

4:42 アレシボ天文台とはやぶさ2

• アレシボ天文台の電波望遠鏡の崩落の動画 ↓

• ep. 9 と ep. 11 でアレシボ天文台に触れました。
• 「はやぶさ2」実は21回も”墜落”していた!（NHKリュウグウ着陸取材班） - ブルーバックス - 講談社（1/3）

7:24 AlphaFold2とタンパク質の折りたたみ

• AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology - DeepMind
• Google系列のDeepMind、AIシステム「AlphaFold」で「タンパク質折りたたみ問題」で大飛躍　新薬開発への重要な一歩 - ITmedia NEWS
• Home - CASP14
• cp.cmc (菊池研)
• Lattice protein - Wikipedia (格子タンパク質模型については日本語で良いレファレンスがありませんでした)
• 二次転移とは - コトバンク
• 31. Alphaの系譜を持つアルゴリズム タンパク質立体構造を解くAlphaFold - 白金鉱業.FM
• ふつうは知らないタンパク質の話: ②構造にまつわるコアな話　編 → Kindle Unlimited で読めて面白かった。
• タンパク質Ｘ線結晶構造解析 — SPring-8 Web Site
• NMRの基礎知識【原理編】 - Chem-Station (ケムステ)
• 【速報】2017年ノーベル化学賞は「クライオ電子顕微鏡の開発」に！ - Chem-Station (ケムステ)
• DQN (コンピュータ) - Wikipedia
• Papers With Code → 色んな機械学習のタスクの SOTA を調べられるサイト。
• ImageNet Benchmark (Image Classification) - Papers With Code

今回のタンパク質の立体構造予測には物理とか、進化とか今まで自然科学とされていた知見はほぼ使われておらず、単純にデータから推論された、とする専門家のステートメント。 https://t.co/1pbXOR41AA

— 田口善弘 (@Yh_Taguchi) December 7, 2020

19:07 MCMC、砂漠、タンパク質、交通流、魔方陣

• 数式をまったく使わないMCMC(マルコフ連鎖モンテカルロ法)の説明 - 株式会社フォワードネットワーク
• 詳細つりあいの原理 - イミダス
• バルハン - Wikipedia ← 菊池研で研究されていた砂丘の種類
• ナゾの渋滞はこうやって起きる…交通現象シミュレーターから学ぶこと - ギズモード・ジャパン
• 交通渋滞は物理法則に従って発生する - Nature ダイジェスト - Nature Research → 菊池さんたちが名古屋ドームで行った交通流の実験
  • 交通流の論文
  • Phase transition in traffic jam experiment on a circuit - IOPscience
  • Quantitative explanation of circuit experiments and real traffic using the optimal velocity model - IOPscience
  • Characterizing and distinguishing free and jammed traffic flows from the distribution and correlation of experimental speed data - IOPscience
• 魔方陣の論文 → Numerous but Rare: An Exploration of Magic Squares
• 北島さんが魔方陣について話している動画↓

• 魔方陣は魔法陣ではありません。

「本屋にて、小学生が魔法使いを名乗る男に話しかけられる事案」を発生させてしまった。

違うんだ。魔方陣に関する本を探してるっぽかったから「私は魔方陣に関して研究をしていた者ですが、お力になれることがあれば…
」と、言ったんだ、魔"法"陣じゃない。お母さん、警戒しないでくれ、あぁ。

— Akimasa_K (@Akimasa_K) September 18, 2017

• 田崎統計 → 統計力学｜予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」

  この本は量子力学の準備から始まる。「えっ！量子力学は嫌いだ！」という声が聞こえてきそうだが、統計力学は量子論との相性がすこぶる良い。この本を読めばそのことが明確に理解できるはずである。マクロな物理学の深い世界を教えてくれる最高の良書。

• 田崎さんは mmhmm の使い手としても有名 → 田崎晴明さん：学生の立場を第一に考えて授業をオンライン化 - mmhmm

• 菊池誠 (大阪大学) - Wikipedia
• もうダマされないための「科学」講義 (光文社新書) → 菊池さんたちのニセ科学とかの本。 Kindle Unlimited で読める
• テルミン - Wikipedia

28:42 プログラミングコンテスト

• CMC 大阪大学サイバーメディアセンター
• SuperCon
• Topcoder
• AtCoder
  • 日本最大のプログラミングコンテストサイトAtCoder登録者数が20万人を突破！｜AtCoder株式会社のプレスリリース
  • AtCoder（競技プログラミング）の色・ランクと実力評価、問題例 - chokudaiのブログ
  • 大学院在学中にレールに乗ったまま起業した話 - chokudaiのブログ → AtCoder 創業とかの話。
  • 働く競技プログラマー図鑑 Vol.3 - 働く競技プログラマー図鑑 - AtCoder Career Design
• Twitter bot 夜話 oka によるイベント報告 (Scienthrough の季刊誌 SKHOLĒ に書いたもののはずだけど何も憶えていない。。)

10年前の自分が書いた文章だと思うのだけど全然憶えてない… (もちろん、おしゃれな紙面デザインは僕ではない) #interaxion pic.twitter.com/xT5t6qsn3G

— oka (@nowohyeah) December 16, 2020

• Scienthrough(サイエンスルー) Twitter 夜話 - Togetter
• @abbrabot, @thecellbot, @ninetan

AbbraBot のみですが、菊池研の YouTube チャネルに Twitter Bot 夜話の映像がアップされています。右の方で菊池さんが PC を操作しているのは Ustream 配信です。何もかもなつかしい。。↓

• ICPC 国際大学対抗プログラミングコンテスト

阪大の西尾総長見ていますか。ICPCアジア地区予選に阪大から1チーム行けそうです。国内予選では10位以内に入れませんでしたが11位の「いい生活は今年で20周年で賞」をいただける事になりそうです。企業賞を受賞することで阪大の宣伝に繋がったと思います。僕の所属は基礎工です、基礎工学部です。

— こたまねぎ (@small_onions) November 7, 2020

• 株式会社いい生活｜不動産テック・不動産賃貸管理システムをクラウド・SaaSで提供
• 阪大競技プログラミング部RAINBOU
• The International Conference on Functional Programming
  • ICFP Programming Contest 2020
  • Message From Space → Sphinx で書かれた ICFP-PC 2020 の問題
  • 「ハンター試験かよ」
  • ICFP-PC2019 参加記 - Qiita by ろびんさん
  • 超難問を72時間で解く――過酷なプログラミング大会「ICFP-PC」、その魅力は　優勝チームに聞く - ITmedia NEWS → Unagi チームのインタビュー
• ラムダ計算 - 理学のキーワード - 東京大学 大学院理学系研究科・理学部
• ISUCON

50:59 いい生活と AWS の話

• ESいい物件One 賃貸 - サービス｜株式会社いい生活
• AWS (アマゾン ウェブ サービス) とは？【AWS公式】
• データセンターとは？クラウドとの違いや具体的な役割をわかりやすく解説します - カゴヤのサーバー研究室
• 「AWS は複雑系」
• 物理学専攻出身のITエンジニアが、チーム開発にもたらす価値とは？ - 株式会社いい生活 (Wantedly)

58:21 PyCon JP と出会いについて

• PyCon JP
• 世界的自動車サプライヤー・アイシン精機の人工知能エンジニアに迫る - Qiita Zine

ニュース2

62:49 Salesforce が Slack 買収

Big news: @salesforce is acquiring Slack! 🎉 This is going to be transformative for our customers. Together, we’ll deliver the operating system for the new way to work: https://t.co/4wYTX2BQoz

Key info: https://t.co/YfDv07fDKW

— Slack (@SlackHQ) December 1, 2020

• CRMとは？導入検討時に知っておきたい基礎知識と活用方法 - セールスフォース・ドットコム

64:33 ラーメンズ

• ラーメンズ・小林賢太郎さん、足が悪く「無理が出てきた」など引退の理由明かす【コメント全文】 - ハフポスト
  • 千葉滋賀佐賀

66:00 阪大関係

• 優秀な大阪大院生が「爆破予告」で逮捕されるまでの一部始終 - FRIDAYデジタル
• 大学爆破予告で再逮捕 “天才”阪大院生が溺れた「恒心教」と華麗な経歴｜ニフティニュース 「磁場勾配による有機物の分別」─ サイエンス・インカレ受賞者インタビュー（大阪大学・福山紘基さん） - リケラボ
• 文部科学省主催│学生による自主研究の祭典「サイエンス・インカレ」
• リサーチフェスタ
  • 学生による研究コンテスト「リサーチフェスタ２０１０」開催 — 大阪大学
  • 「リサーチフェスタ」（理数学生育成支援事業合同研究発表会） - 大阪大学基礎工学部「基礎工学オナーフラタニティプログラム」
    → リサーチフェスタのロゴはカソクキセンパイのデザイン！
  • (PDF)「理数学生応援プロジェクト」受託事業「理数オナープログラム―飛躍知の苗床育成をめざして－」最終報告書 → oka やろびんさん参加していた理数オナープログラムの報告書。 p.15 あたりにリサーチフェスタのことが書かれています。
• 白昼堂々ショッピングモールで自慰行為逮捕　66歳容疑者は「日本学術会議メンバー」の東大卒物理学者だった - 文春オンライン
• ディープラーニングと物理学 原理がわかる、応用ができる (KS物理専門書)